Animo masyarakat Kecamatan Sokaraja bagian timur untuk menyekolahkan anaknya ke sekolah negeri sangat tinggi, sementara sekolah yang siap menampung animo tersebut belum ada. Baik sekolah negeri maupun swasta. Untuk itu masyarakat menginginkan berdirinya SLTPN di wilayah Kecamatan Sokaraja bagian timur. Keinginan tersebut menjadi kenyataan dengan dibangunnya satu unit baru yaitu SLTP.

Pada pertengahan tahun 1995 dimulailah  pembangunan sarana fisik sekolah yang  terdiri atas kantor tata usaha, ruang guru, ruang belajar, dan sarana prasarana lainnya.  SLTP tersebut dibangun di atas tanah seluas 9.800 m²  milik masyarakat Desa Banjaranyar di bawah kepemimpinan Kepala Desa Alm. Bapak Sutarjo. Tahun Pelajaran 1996/1997 pembangunan sarana fisik sekolah selesai walau masih sangat minim. SDM baik itu guru, karyawan tata usaha, dan pembantu pelaksana belum dimiliki oleh SLTP Negeri 3 Sokaraja. 

Kepala Kantor Inspeksi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Banyumas menunjuk Bpk. Drs. Raslam (Kepala SLTP Negeri 2 Sokaraja) untuk mengampu dan mengelola SLTP Negeri 3 Sokaraja. Adapun pelaksanaan tugas sehari-hari dipercayakan kepada Bpk M.Ardani, S.Pd. sebagai wakil kepala sekolah saat itu.

Tahun pelajaran 1996/1997 SLTP Negeri 3 Sokaraja mulai menerima siswa baru. Penerimaan siswa baru pertama kali masih dilakukan di SLTP Negeri 2 Sokaraja. Ini semua dilakukan karena masih belum adanya SDM yang dibutuhkan, meski sarana fisikya sudah ada.

Pada tanggal 16 Mei 1996 Unit Gedung Baru SLTP Negeri 3 Sokaraja mulai ditempati dengan segala keterbatasannya. Pada tahun 1996 pula pemerintah menerbitkan NSS (Nomor Statistik Sekolah) yaitu 20 1 03 02 20 145. Dengan nomor tersebut sekolah secara resmi memperoleh nama yaitu SLTP Negeri 3 Sokaraja.

Kepemimpinan SMPN 3 Sokaraja dari tahun 1996 s.d. sekarang:

1. Drs. Raslam (Tahun Pelajaran 1996/1997)
2. Wahyudin, S.Pd. (1997 s.d. 2000)
3. Joko Purnomo, B.A., S.Pd., M.M.Pd. (2001 s.d. 2004)
4. Tohir, S.Pd. (2004 s.d. 2007)
5. Sugeng Kahana, S.Pd., M.Pd. (2007 s.d. 2010)
6. Almisbah Chusudur, S.Ag. (2010 s.d. 2013)
7. Suparjo, S.Pd., M.Pd. (2014 s.d. 2017)
8. Maryono, S.Pd., M.Pd. ( 2017 s.d. 2019)
9. Agus Subagyo, S.Pd., S.IP., M.M.Pd. (2019 s.d. 2021)
10. Tejo Wibowo, S.Pd. (September 2021 s.d. Desember 2021 /Pelaksana Tugas)
11. Erna Puji Rahayu, S.Pd. (Desember 2021 s.d. 2025)
12. Heri Saptono, S.Pd (Agustus 2025 s.d. Sekarang / Pelaksana Tugas)